Les Afro-Colombiens sont des descendants d’esclaves débarqués entre 1510 et 1851 par centaines de milliers sur la côte Caraïbe, au nord du pays. Ils sont originaires du Sénégal, du Congo ou de l’Angola, et servaient de main-d’œuvre aux Conquistadors notamment dans les mines d’or et d’émeraude colombiennes. Carthagène des Indes était l’un des ports qui recevait ces bateaux chargés d’esclaves. Ces derniers étaient entassés dans les cales des navires et nombre d’entre-eux ne supportèrent pas les conditions de transport et moururent à cause du mal traitement qui leur était infligé, des maladies ; d’autres se jetaient dans la mer durant la traversée, etc. À l’arrivée, on les marquait comme du bétail à l’aide d’un fer chaud, pour que le Maître les reconnaisse à n’importe quel endroit.

Les noirs sont arrivés dans le Choco pour remplacer les Indiens, qui avaient été décimés à cause du travail acharné, du mal traitement, et de la chasse lancée contre eux de la part des Espagnols. Ils furent introduits à Popayan pour travailler dans les mines, les exploitations, pour un usage domestique et toute autre tâche difficile et dangereuse, tout en subissant des châtiments corporels (coups de fouet, etc.).

Certains furent envoyés dans les mines du fleuve San Juan, comme Nóvita, Tamaná, Zaragoza de Tadó, Santa Gertrudis de Tajuato, San Agustín de Sipí et Santa Bárbara del Cajón. Sur la rivière Atrato, des campements furent installés le long des fleuves Cértegui, Andágueda, Neguá, Bebará, Murrí et Riosucio. La province de Nóvita était la plus riche en mines d’or, raison pour laquelle elle s’est convertie en centre commercial le plus important du Choco pour le trafic d’esclaves.

À Buenaventura, ville dont le port est le plus important de Colombie, les premiers habitants étaient des affranchis ou des esclaves qui avaient réussi à s’enfuir pour se réfugier et construire une nouvelle vie dans cette région tropicale. C’est ainsi que, sur la côte Pacifique en général, on retrouve de nombreux Afro-Colombiens.